Comme toutes les associations, l'Apel réunit annuellement son assemblée générale, l'organe statutaire souverain qui représente l'ensemble des adhérents. Formellement, les Apel académiques, membres de l'Apel nationale, participent à travers leurs délégués à cette grande rencontre, qui allie les rendez-vous institutionnels classiques (rapports annuels) à des activités collectives et la rencontre d'un grand témoin.