L'équipe salariée de l'Apel nationale est organisée et dirigée par un secrétaire général nommé par le Président après avis favorable du Bureau national.
Quatre directions exercent à Paris les différents métiers qui permettent d'assurer un fonctionnement régulier des instances et de la structure du mouvement, mais encore d'organiser des événements, de mettre en œuvre des actions en direction des parents d'élèves et de réaliser la revue Famille & Education - le magazine de l'Apel, adressée à tous les adhérents.